Logo Trường Đại học Thành Đô hiện tại được nhận diện bằng hình ảnh chủ đạo là Bông hoa Sen. Đây là một hình tượng có ý nghĩa hết sức đặc biệt đối với người Việt Nam, thể hiện sự khai sáng và hoàn mỹ, vừa có sự gần gũi đời thường cũng lại vô cùng cao quý, linh thiêng. Trong văn hóa Á Đông, hoa Sen biểu trưng cho những giá trị đạo đức chính trực, sự hình thành và phát triển của trí tuệ.
Tuy vậy, trước đó qua từng giai đoạn phát triển từ khi trường thành lập vào năm 2004 đến nay, logo của Trường đã trải qua 3 phiên bản, mỗi phiên bản đều mang những hình ảnh tượng trưng cho tầm nhìn và sứ mệnh của trường.
Trong giai đoạn đầu, logo là hình ảnh trung tâm phác thảo lại Khuê Văn Các, cánh cổng của trường quốc học đầu tiên của nước ta. Đặc biệt hơn hình ảnh này được cách điệu từ chữ T và chữ Đ vừa là tên viết tắt của trường vừa là sự tự hào khi là trường đại học tư thục đầu tiên trong hệ thống giáo dục Việt Nam. Khung logo hình tròn, viền nền màu xanh dương cùng tên trường được viết song ngữ tiếng Anh và tiếng Việt, thể hiện truyền thống giáo dục bền vững.
Ở phiên bản thứ hai, logo trường được thiết kế mở và phá cách, với biểu tượng cuốn sách trên đường chân trời, phần tên tiếng Anh của trường được thể hiện ở màu xanh đậm. Tổng thể logo mang hàm ý về định hướng phát triển Trường Đại học Thành Đô hội nhập quốc tế và luôn hướng đến ánh dương tri thức.
Kế thừa nét đẹp và ý nghĩa từ hai phiên bản logo trước, logo hiện tại được thể hiện qua mô phỏng cách điệu của Sách, Bút, Nghiên và Hoa Sen. Một lần nữa khẳng định triết lý giáo dục mà nhà trường đề ra và theo đuổi. Đại học Thành Đô sẽ luôn hướng tới một môi trường giáo dục mà người học có thể phát triển trí tuệ, nâng cao năng lực, rèn luyện nhân cách và kiến tạo sự hòa hợp
Bên cạnh đó, logo hiện tại cũng có phiên bản sống động với bông hoa sen vàng và tên trường được viết bằng màu xanh dương trên nền trắng. Đây cũng là hai màu sắc đặc trưng và truyền thống của Đại học Thành Đô được sử dụng trong hai phiên bản logo trước đó.
Trong phiên bản chính thức, hình tượng bông hoa sen trắng với sáu cánh hoa tương ứng với sáu khối ngành đào tạo trụ cột: “Công nghệ – Du lịch – Ngôn ngữ – Kinh tế – Quản lý – Sức Khỏe”. Đồng thời, logo cũng biểu trưng những trang sách đang mở ra, với phần đế tạo hình bìa sách to dày thể hiện cho sự bền vững và tri thức. Ngòi bút và nghiên mực được đặt ở vị trí trung tâm tạo nên sự cân bằng và sâu sắc. Biểu tượng Sách, Bút, Nghiên mực đã gắn liền với truyền thống hiếu học từ ngàn đời của dân tộc, là biểu tượng trường tồn của ngành giáo dục phương đông.
Bước vào kỷ nguyên hội nhập, cụm hình ảnh «THANH DO UNIVERSITY» định vị thương hiệu Nhà trường trong cộng đồng, hợp tác phát triển và vươn tầm quốc tế song hành với mục tiêu trở thành tổ chức giáo dục hàng đầu Việt Nam về ứng dụng và thực hành.
Màu xanh dương được đặt làm nền, là màu xanh bầu trời, tượng trưng sự tĩnh lặng, sâu thẳm của đại dương, là màu sắc biểu trưng cho sự trường tồn bất biến của chân lý. Đây cũng là màu xanh thiên thanh của hy vọng, ước mơ và tuổi trẻ, nuôi dưỡng hoài bão, không ngừng sáng tạo để mang lại giá trị mới, theo kịp với sự thay đổi của thời đại và niềm tin hy vọng vào tương lai của bao thế hệ thầy và trò trường Đại học Thành Đô.
Hình tượng bông hoa Sen trắng như con thuyền chở tri thức giữa đại dương xanh. Con thuyền được định hướng bởi hệ thống quản trị chuyên nghiệp, lấy hiệu quả làm thước đo hoạt động. Uy tín của Trường được khẳng định qua hành vi nói và thực hiện cam kết, tạo dựng danh tiếng bằng chất lượng và sự công nhận của cộng đồng xã hội.